Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。

安装conda

conda分为Anaconda和Miniconda:

  • 包括Conda、Python以及一大堆安装好的工具包，比如：numpy、pandas等； 下载网址
  • Miniconda包括Conda、Python； 下载网址

根据自有系统/架构选择合适的版本下载安装。

环境管理

# 创建一个名为 test 的环境，并安装biopython（默认使用下载anconda时选择的python版本)
$ conda create --name test biopython

# 激活环境
$ source activate snowflakes

# 退出环境
$ source deactivate

# conda把python看作和其他包一样，可以在创建虚拟环境的时候指定
# 查看可用的python版本
$ conda search --full-name python

# 创建名为py37，使用python 3.7版本的环境，并安装astroid和babel
$ conda create --name py37 python=3.7 astroid babel

# 查看所有的环境
$ conda info --envs

# 复制test环境到test1
$ conda create --name test1 --clone test

# 删除环境
$ conda remove --name test1 --all

packages管理

# 查看当前环境下的已经安装的包
$ conda list

# 查找包
$ conda search gatk

# 安装包到环境bunnies，不加--name时，默认安装到当前环境
$ conda install --name test gatk

# 当无法使用conda安装，也通过pip命令安装
$ pip install gatk

# 查看包
$ conda list

# 更新包
$ conda update gatk

# 删除包
$ conda remove gatk

清华镜像

因为Anaconda.org的服务器在国外，所有有些库下载缓慢，可以使用清华Anaconda镜像源。 网站地址: 清华大学开源软件镜像站

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

查看已经添加的channels conda config --get channels